In den Werkstätten arbeiten die SchülerInnen nach ihren Begabungen und Neigungen in den Themenbereichen Kultur (Musik und Kunst), Gesellschaft (Religion und Philosophie) und Handwerk (Informatik, Hauswirtschaft und Technik). Die Fächer Musik, Kunst, Religion, Philosophie, Informatik, Hauswirtschaft, Technik, der Wahlpflichtbereich (WP) und die Ergänzungsstunden finden mit ihrer gesamten Wochenstundenzahl in einem Wahlpflichtsystem als Werkstätten statt. Genau wie das Lernen im Projekt sind die Werkstätten handlungs- und produktorientiert ausgerichtet. Die SchülerInnen entwickeln so fortwährend ihre kommunikativen, sozialen und kreativen Kompetenzen weiter. Die Werkstätten sind jahrgangsstufenübergreifend. Eine Anbindung an die Lebenswelt und eigenen Interessen der SchülerInnen ist hierbei genauso wichtig wie die Wissensvermittlung, denn nur so findet ein Lernen mit intrinsischer Motivation statt. Die SchülerInnen können deshalb Themen auswählen, für die sie sich wirklich interessieren. Die Werkstätten werden so gestaltet, dass sie zum Fragen, Erforschen, Experimentieren und Ausprobieren anregen. Die Werkstätten werden in der Regel für die Dauer eines Halbjahres gewählt und somit epochal konzipiert, damit eine ausreichende Auseinandersetzung unter der Berücksichtigung unterschiedlicher Perspektiven möglich ist. Das Einbringen der eigenen Interessen und das selbstständige Erproben unterschiedlicher Strategien und Methoden ermöglicht es den SchülerInnen, eine Grundlage für ein lebenslanges Lernen zu schaffen.